SBRML lib (.NET based needs Mono) http://sbrml.sourceforge.net/SBRML/Welcome.html

SBGN: Arcadia (completly untested http://arcadiapathways.sourceforge.net/)

Javasim (http://sys-bio.org/sbwWiki/sbw/javasim) ???

E-cell System

SBML ODE Solver (Christoph Flamm University of Vienna, Austria www die haben auch iher eigene LiveCD gemacht, Debian based, mit tutorials, emial kontakt aufnehmen) # funktioniert aber nur mit _alten_ Bibliotheken (libsbml u. sundials); trotzdem integrieren?

iBioSim (genetic networks)

Dizzy (last release in 2006)

YAMS Yet Another Mesoscopic Simulator (http://www2.hu-berlin.de/biologie/theorybp/wiki/pmwiki.php?n=Main.YAMS)

MesoRD http://mesord.sourceforge.net/ (outdated?)

smoldyn http://www.smoldyn.org/

ByoDyn http://cbbl.imim.es:8080/ByoDyn/download (python tool for scanning parameter spaces)

paxtools http://www.biopax.org/paxtools/

BioCyc, EcoCyc, …

JWS Online