Unterschiede

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--- software_pending [2010/04/20 23:06]
falko
+++ software_pending [2011/09/28 23:44]
wolfliebermeister [Software higher priority]
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 ====== Software higher priority ======
-  * Protégé http://protege.stanford.edu/
+FASIMU for flux balance analysis
-  * JSim http://www.physiome.org/jsim/ java based
-  * LATEST release of BioModels Database curated models
-  * SQUAD http://www.enfin.org/wiki/doku.php?id=enfin:squad:start
-  * BooleanNet http://code.google.com/p/booleannet/ ist ein python paket, hab ich auch schon mit checkinstall installiert bekommen sollte also kein problem sein. networx abhängigkeit ist nich notwendig
-  * Graphviz ist schon drauf oder? falls ja sollte es auf unsere list der installierten pakete das man das weiss
-  * PySCeS http://pysces.sourceforge.net/download.html
-  * BioNetGen http://bionetgen.org/index.php/Documentation
 ====== Software lower priority ======
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   * iBioSim (genetic networks)
   * Dizzy (last release in 2006)
-  * Virtual Cell http://www.nrcam.uchc.edu/ (requires internet connection!!!)
-  * protege (ontology tool)
   * YAMS Yet Another Mesoscopic Simulator (http://www2.hu-berlin.de/biologie/theorybp/wiki/pmwiki.php?n=Main.YAMS)
   * MesoRD http://mesord.sourceforge.net/ (outdated?)
   * smoldyn http://www.smoldyn.org/
   * ByoDyn http://cbbl.imim.es:8080/ByoDyn/download (python tool for scanning parameter spaces)
-  * Enthought Python Distribution sieht interessant aus, NAEHER ANSEHEN: http://www.enthought.com/products/epd.php
   * paxtools http://www.biopax.org/paxtools/

software_pending.txt · Zuletzt geändert: 2011/09/28 23:44 von wolfliebermeister

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