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Dies ist eine alte Version des Dokuments!

  • 0.4.5 ist fertig!
  • Softwarestand siehe 0.4-beta4 oder auch http://www.sbos.eu/doku.php?id=software_included0.4.5
  • Nur kleine Bugfixes: z.B. wird bei der Installation das SB.OS-Repo nicht mehr vergessen
  • Ist hier auf 4 Rechnern im Einsatz; Einschränkung bei nachträglicher „Umwandlung“ ist nur das Fehlen von OpenAlea sowie STSE. Beim derzeitigen Stand kann das nur manuell installiert werden (und dann auch nur unter 32bit)

getestet mit Ubuntu lucid und karmic (da aber karmic in die sources.lst …). Sollte mit anderen Debian-basierenden Distros auch gehen.

  • Für die volle Packung: aptitude install sb.os-desktop
  • 0.4.3 beta verfügbar; eventuell Probleme mit STSE und ATI-Grafik
  • semanticSML-1.0.11
  • Updates für STSE, Systemupdates u.v.a.
  • 0.3.5 wir sind dabei…
  • User ist sbos, nicht mehr ubuntu
  • eine „eingeschränkte“ Version für den Lehrbetrieb: der automatisch eingeloggte User ist „sbos“, hat keine administrativen Rechte und kann so die Festplatte nicht verändern, darf aber „externe“ Datenträger benutzen
  • semanticSBML-1.0.9
  • TIde muß nicht mehr mit sudo laufen…
  • Taverna, isa-tools installiert
  • Basis auf ubuntu jaunty aktualisiert, wegen einiger Probleme neu aufgesetzt auf karmic- Basis am 06.11.09
  • ModelMaGe aktualisiert auf 1.0beta, ins Menü eingetragen
  • SBMLSqueezer aktualisiert auf 1.2.3
  • neue BiNoM-Version (Plugin für Cytoscape)
  • Cytoscape Version 2.6.3
  • sundials cvode und serial solvers
  • Edinbourgh Pathway Editor 1.3.0 integriert
  • R 2.9.2
  • Vanted 1.76
  • SBML-PET 2.3.5
  • Taverna 2.1 beta 2
  • Systems Biology Workbench ist drauf
  • STSE Editor und Viewer eingebaut, PlantGL geht wieder (libboost sei Undank)
  • 0.3.4
  • Fehlerbereinigte TIde-Version 1.2.1 (Versionsnummer NICHT angepasst, sollte so bleiben)
  • usplash-theme erstellt (usplash-theme-sbos 0.3.4)
  • IMMER ANPASSEN: remaster-iso/isolinux/* und README.diskdefines. Besonders auf Datum/Bezeichnung achten!
  • SBMLsqueezer 1.1 installiert
  • Desktop/Licenses links repariert
  • BioModels jetzt in /opt/Models/BioModels/, Doku angepasst, YeastNet- Models (jamboree) liegen unter /opt/Models/YeastNet/
  • Menu-System „richtig“ eingebunden: /etc/xdg/menus/SystemsBiology.menu und /etc/xdg/menus/applications-merged/SystemsBiology.merde.menu angelegt.
  • semanticsbml-1.0.8, sbml2latex-0.9.7, sbmleditor-1.3.3 sind neu dabei
  • Doku aktualisiert, neues Logo eingebaut.
  • Update auf Kernel 2.6.27-14-generic, /boot/initrd*.gz nach ../../remaster-iso/casper/initrd.gz kopiert
  • Endlich usplash angepasst: ein so kleiner Bug kann einen so lang beschäftigen: in file usplash-theme-sbos.c, line 53 change the '400' in '.pixmap = &pixmap_usplash_640_400,' to '480'
  • gdm angepasst: gdm-sbos ist Standardthema
  • Isolinux-Hintergrundbild: einfach remaster-iso/isolinux/splash.pcx und splash.png austauschen, 256 Farben gehen.
  • Lizenz- Frage jetzt am Anfang der initrd, viel besser so…
  • Ändern der Hintergrundfarbe (weiss) beim Start von X: in /etc/gdm.conf-custom „GraphicalThemedColor=#ffffff“
  • displaySBML jetzt im Menü als sbml2latex
  • SciTe (Editor), python-ply, ipython für pysces installiert, pysces läuft auch. Menüeintrag dafür?
  • StarWars ist installiert (telnet towel.blinkenlights.nl)
  • einige Fehlermeldungen in sbml2latex/latex werden durch das Kopieren des Verzeichnisses /usr/share/sbml2latex/src/resources/ in das Arbeitsverzeichnis behoben
  • Cytoscape-2.6.2 und BiNom (keine Versionierung, wie's scheint) sind mit drauf, OpenAlea/VisuAlea aktualisiert
  • SBOS 0.3.4 ist fertig!
  • 0.3.3
  • Doku repariert (es fehlten die Videos!)
  • …und gstreamer0.10-plugins-ugly + gstreamer0.10-ffmpeg fehlten
  • Visualea startet mit xterm wegen Bug: VisuAlea plottet nur, wenn es eus einem Terminal gestartet wird.
  • 0.3.2
  • Geänderte config für semanticSBML, SemanticSBML- Daten nach /opt verschoben, da semanticsbml in der config nicht mit relativen Pfaden umgehen kann
  • Doku und Optik von ubuntu4systemsbiology befreit
  • neu aufgesetzt am 01.05.2009, um ein entschlacktes system zu erhalten. Paketbau NICHT mehr in remaster-root, sondern auf anderen Maschinen (oder in /home/ivo/Dokumente/sysbuntu/remaster-root), um die DVD nicht zuzumumüllen.
  • celldesigner-4.0.1
  • copasi-4.4.29
  • dialog # fuer /etc/init.d/checklicense.sh
  • gnuplot
  • libcgal-dev #fuer OpenAlea
  • libncurses5-dev #fuer OpenAlea
  • libqhull5 #fuer OpenAlea
  • libsbml-3.3.2
  • libqt4-opengl-dev #fuer OpenAlea
  • libwxgtk2.8-dbg #fuer xmlcopyeditor
  • libxerces-c28 #fuer xmlcopyeditor
  • libxerces2-java #fuer celldesigner
  • python-epydoc
  • python-gnuplot
  • python-matplotlib
  • python-numarray
  • python-numeric
  • python-numpy
  • python-pyx
  • python-qt4
  • python-rpy
  • python-scipy
  • python-soappy
  • semanticsbml-1.0.7
  • texlive-latex-extra
  • tide-1.2
  • xmlcopyeditor-1.2.0.2
  • xppauth-5.98
  • fuer OpenAlea: python-qt4 libboost-python1.34.1 python-scipy gnuplot libqhull5 python-matplotlib libncurses5-dev libcgal-dev libqt4-opengl-dev texlive-latex-extra python-rpy libboost-python.so nach libboost_python.so.3 verlinken, alle „*.so“- Bibliotheken aus /usr/local/lib muessen nach /usr/lib verlinkt werden, und aus libncurses.so.5 werden libtinfo.so und libtinfo.so.5 …und laeuft…
  • noch nicht in *.deb ausgelagerte eigene Anpassungen liegen momentan im „alten“ sysbuntupfad unter usr/local/src/files4sbos
  • remaster-iso/.disk/* ändern!!!
  • ~/.semanticSBML/config anpassen, db ändern
 
changelog_german.1277977686.txt.gz · Zuletzt geändert: 2010/07/01 11:48 von ivomaintz
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