Dies ist eine alte Version des Dokuments!
- neu aufgesetzt am 01.05.2009, um ein entschlacktes system zu erhalten. Paketbau NICHT mehr in remaster-root, sondern auf anderen Maschinen (oder in /home/ivo/Dokumente/sysbuntu/remaster-root), um die DVD nicht zuzumumüllen.
- celldesigner-4.0.1
- copasi-4.4.29
- dialog # fuer /etc/init.d/checklicense.sh
- gnuplot
- libcgal-dev #fuer OpenAlea
- libncurses5-dev #fuer OpenAlea
- libqhull5 #fuer OpenAlea
- libsbml-3.3.2
- libqt4-opengl-dev #fuer OpenAlea
- libwxgtk2.8-dbg #fuer xmlcopyeditor
- libxerces-c28 #fuer xmlcopyeditor
- libxerces2-java #fuer celldesigner
- python-epydoc
- python-gnuplot
- python-matplotlib
- python-numarray
- python-numeric
- python-numpy
- python-pyx
- python-qt4
- python-rpy
- python-scipy
- python-soappy
- semanticsbml-1.0.7
- texlive-latex-extra
- tide-1.2
- xmlcopyeditor-1.2.0.2
- xppauth-5.98
- fuer OpenAlea: python-qt4 libboost-python1.34.1 python-scipy gnuplot libqhull5 python-matplotlib libncurses5-dev libcgal-dev libqt4-opengl-dev texlive-latex-extra python-rpy libboost-python.so nach libboost_python.so.3 verlinken, alle „*.so“- Bibliotheken aus /usr/local/lib muessen nach /usr/lib verlinkt werden, und aus libncurses.so.5 werden libtinfo.so und libtinfo.so.5 …und laeuft…
- noch nicht in *.deb ausgelagerte eigene Anpassungen liegen momentan im „alten“ sysbuntupfad unter usr/local/src/files4sbos
- 0.3.2
- Geänderte config für semanticSBML, SemanticSBML- Daten nach /opt verschoben, da semanticsbml in der config nicht mit relativen Pfaden umgehen kann
- Doku und Optik von ubuntu4systemsbiology befreit
- 0.3.3
- Doku repariert (es fehlten die Videos!)
- …und gstreamer0.10-plugins-ugly + gstreamer0.10-ffmpeg fehlten
- Visualea startet mit xterm wegen Bug: VisuAlea plottet nur, wenn es eus einem Terminal gestartet wird.
- 0.3.4
- Fehlerbereinigte TIde-Version 1.2.1 (Versionsnummer NICHT angepasst, sollte so bleiben)
- usplash-theme erstellt (usplash-theme-sbos 0.3.4)
- IMMER ANPASSEN: remaster-iso/isolinux/* und README.diskdefines. Besonders auf Datum/Bezeichnung achten!
- SBMLsqueezer 1.1 installiert
- Desktop/Licenses links repariert
- BioModels jetzt in /opt/Models/BioModels/, Doku angepasst, YeastNet- Models (jamboree) liegen unter /opt/Models/YeastNet/
- Menu-System „richtig“ eingebunden: /ec/xdg/menus/SystemsBiology.menu und /etc/xdg/menus/applications-merged/SystemsBiology.merde.menu angelegt.
- semanticsbml-1.0.8, sbml2latex-0.9.7, sbmleditor-1.3.3 sind neu dabei
- Doku aktualisiert, neues Logo eingebaut.
- Update auf Kernel 2.6.27-14-generic, /boot/initrd*.gz nach ../../remaster-iso/casper/initrd.gz kopiert
- Endlich usplash angepasst: ein so kleiner Bug kann einen so lang beschäftigen: in file usplash-theme-sbos.c, line 53 change the '400' in '.pixmap = &pixmap_usplash_640_400,' to '480'
- gdm angepasst: gdm-sbos ist Standardthema
- Isolinux-Hintergrundbild: einfach remaster-iso/isolinux/splash.pcx und splash.png austauschen, 256 Farben gehen.
- Lizenz- Frage jetzt am Anfang der initrd, viel besser so…
- Ändern der Hintergrundfarbe (weiss) beim Start von X: in /etc/gdm.conf-custom „GraphicalThemedColor=#ffffff“
- displaySBML jetzt im Menü als sbml2latex
- SciTe (Editor), python-ply, ipython für pysces installiert, pysces läuft auch. Menüeintrag dafür?
- StarWars ist installiert (telnet towel.blinkenlights.nl)
- einige Fehlermeldungen in sbml2latex/latex werden durch das Kopieren des Verzeichnisses /usr/share/sbml2latex/src/resources/ in das Arbeitsverzeichnis behoben
- Cytoscape-2.6.2 und BiNom (keine Versionierung, wie's scheint) sind mit drauf, OpenAlea/VisuAlea aktualisiert
- SBOS 0.3.4 ist fertig!
- 0.3.5 wir sind dabei…
- User ist sbos, nicht mehr ubuntu
- eine „eingeschränkte“ Version für den Lehrbetrieb: der automatisch eingeloggte User ist „sbos“, hat keine administrativen Rechte und kann so die Festplatte nicht verändern, darf aber „externe“ Datenträger benutzen
- semanticSBML-1.0.9
- TIde muß nicht mehr mit sudo laufen…
- Taverna, isa-tools installiert
- Basis auf ubuntu jaunty aktualisiert
- remaster-iso/.disk/* ändern!!!
- ~/.semanticSBML/config anpassen, db ändern