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0.6 in Arbeit

  • Basis ist Xubuntu natty
  • (erstmal) nur 64bit
  • Umstieg auf xfce4 als Desktop Environment, da unity kein ordentliches Menü hat, sich schlecht bedienen läßt, viele Bugs hat und für große Bildschirme ungeeignet ist.
  • Image liegt hier
  • Unsere Buildscripte etc. gibts über svn co http://jaguar.biologie.hu-berlin.de/svn/sbos/build/

0.5

  • SB.OS wird jetzt automatisch gebaut; auf lemur stößt ein Cronjob täglich um 6 den Neubau an, Samstags wird ein Image ins Downloadverzeichnis kopiert.
  • zwei Versionen: 32bit und 64bit
  • Basis ist ubuntu maverick
  • „Alles ist ein Paket“, das klappt richtig gut… auch bei STSE u.ä.

0.4.7 in Arbeit

  • viel getestet und geändert, vieles verworfen…

02.09.2010

  • arcadia 1.0r2, vmd 1.8.7 hinzugefügt

0.4.6

  • systems biology workbench Version 2.8.1, STSE funktioniert wieder aus dem Menü heraus, Kernelupdate.

0.4.5 ist fertig!

  • Softwarestand siehe 0.4-beta4 oder auch http://www.sbos.eu/doku.php?id=software_included0.4.5
  • Nur kleine Bugfixes: z.B. wird bei der Installation das SB.OS-Repo nicht mehr vergessen
  • Ist hier auf 4 Rechnern im Einsatz; Einschränkung bei nachträglicher „Umwandlung“ ist nur das Fehlen von OpenAlea sowie STSE. Beim derzeitigen Stand kann das nur manuell installiert werden (und dann auch nur unter 32bit)

0.4-beta4 in Arbeit

getestet mit Ubuntu lucid und karmic (da aber karmic in die sources.lst …). Sollte mit anderen Debian-basierenden Distros auch gehen.

  • Für die volle Packung: aptitude install sb.os-desktop

0.4.3 beta verfügbar; eventuell Probleme mit STSE und ATI-Grafik

  • semanticSML-1.0.11
  • Updates für STSE, Systemupdates u.v.a.

0.3.5 wir sind dabei…

  • User ist sbos, nicht mehr ubuntu
  • eine „eingeschränkte“ Version für den Lehrbetrieb: der automatisch eingeloggte User ist „sbos“, hat keine administrativen Rechte und kann so die Festplatte nicht verändern, darf aber „externe“ Datenträger benutzen
  • semanticSBML-1.0.9
  • TIde muß nicht mehr mit sudo laufen…
  • Taverna, isa-tools installiert
  • Basis auf ubuntu jaunty aktualisiert, wegen einiger Probleme neu aufgesetzt auf karmic- Basis am 06.11.09
  • ModelMaGe aktualisiert auf 1.0beta, ins Menü eingetragen
  • SBMLSqueezer aktualisiert auf 1.2.3
  • neue BiNoM-Version (Plugin für Cytoscape)
  • Cytoscape Version 2.6.3
  • sundials cvode und serial solvers
  • Edinbourgh Pathway Editor 1.3.0 integriert
  • R 2.9.2
  • Vanted 1.76
  • SBML-PET 2.3.5
  • Taverna 2.1 beta 2
  • Systems Biology Workbench ist drauf
  • STSE Editor und Viewer eingebaut, PlantGL geht wieder (libboost sei Undank)

0.3.4

  • Fehlerbereinigte TIde-Version 1.2.1 (Versionsnummer NICHT angepasst, sollte so bleiben)
  • usplash-theme erstellt (usplash-theme-sbos 0.3.4)
  • IMMER ANPASSEN: remaster-iso/isolinux/* und README.diskdefines. Besonders auf Datum/Bezeichnung achten!
  • SBMLsqueezer 1.1 installiert
  • Desktop/Licenses links repariert
  • BioModels jetzt in /opt/Models/BioModels/, Doku angepasst, YeastNet- Models (jamboree) liegen unter /opt/Models/YeastNet/
  • Menu-System „richtig“ eingebunden: /etc/xdg/menus/SystemsBiology.menu und /etc/xdg/menus/applications-merged/SystemsBiology.merde.menu angelegt.
  • semanticsbml-1.0.8, sbml2latex-0.9.7, sbmleditor-1.3.3 sind neu dabei
  • Doku aktualisiert, neues Logo eingebaut.
  • Update auf Kernel 2.6.27-14-generic, /boot/initrd*.gz nach ../../remaster-iso/casper/initrd.gz kopiert
  • Endlich usplash angepasst: ein so kleiner Bug kann einen so lang beschäftigen: in file usplash-theme-sbos.c, line 53 change the '400' in '.pixmap = &pixmap_usplash_640_400,' to '480'
  • gdm angepasst: gdm-sbos ist Standardthema
  • Isolinux-Hintergrundbild: einfach remaster-iso/isolinux/splash.pcx und splash.png austauschen, 256 Farben gehen.
  • Lizenz- Frage jetzt am Anfang der initrd, viel besser so…
  • Ändern der Hintergrundfarbe (weiss) beim Start von X: in /etc/gdm.conf-custom „GraphicalThemedColor=#ffffff“
  • displaySBML jetzt im Menü als sbml2latex
  • SciTe (Editor), python-ply, ipython für pysces installiert, pysces läuft auch. Menüeintrag dafür?
  • StarWars ist installiert (telnet towel.blinkenlights.nl)
  • einige Fehlermeldungen in sbml2latex/latex werden durch das Kopieren des Verzeichnisses /usr/share/sbml2latex/src/resources/ in das Arbeitsverzeichnis behoben
  • Cytoscape-2.6.2 und BiNom (keine Versionierung, wie's scheint) sind mit drauf, OpenAlea/VisuAlea aktualisiert
  • SBOS 0.3.4 ist fertig!

0.3.3

  • Doku repariert (es fehlten die Videos!)
  • …und gstreamer0.10-plugins-ugly + gstreamer0.10-ffmpeg fehlten
  • Visualea startet mit xterm wegen Bug: VisuAlea plottet nur, wenn es eus einem Terminal gestartet wird.

0.3.2

  • Geänderte config für semanticSBML, SemanticSBML- Daten nach /opt verschoben, da semanticsbml in der config nicht mit relativen Pfaden umgehen kann
  • Doku und Optik von ubuntu4systemsbiology befreit
  • neu aufgesetzt am 01.05.2009, um ein entschlacktes system zu erhalten. Paketbau NICHT mehr in remaster-root, sondern auf anderen Maschinen (oder in /home/ivo/Dokumente/sysbuntu/remaster-root), um die DVD nicht zuzumumüllen.
  • celldesigner-4.0.1
  • copasi-4.4.29
  • dialog # fuer /etc/init.d/checklicense.sh
  • gnuplot
  • libcgal-dev #fuer OpenAlea
  • libncurses5-dev #fuer OpenAlea
  • libqhull5 #fuer OpenAlea
  • libsbml-3.3.2
  • libqt4-opengl-dev #fuer OpenAlea
  • libwxgtk2.8-dbg #fuer xmlcopyeditor
  • libxerces-c28 #fuer xmlcopyeditor
  • libxerces2-java #fuer celldesigner
  • python-epydoc
  • python-gnuplot
  • python-matplotlib
  • python-numarray
  • python-numeric
  • python-numpy
  • python-pyx
  • python-qt4
  • python-rpy
  • python-scipy
  • python-soappy
  • semanticsbml-1.0.7
  • texlive-latex-extra
  • tide-1.2
  • xmlcopyeditor-1.2.0.2
  • xppauth-5.98
  • fuer OpenAlea: python-qt4 libboost-python1.34.1 python-scipy gnuplot libqhull5 python-matplotlib libncurses5-dev libcgal-dev libqt4-opengl-dev texlive-latex-extra python-rpy libboost-python.so nach libboost_python.so.3 verlinken, alle „*.so“- Bibliotheken aus /usr/local/lib muessen nach /usr/lib verlinkt werden, und aus libncurses.so.5 werden libtinfo.so und libtinfo.so.5 …und laeuft…
  • noch nicht in *.deb ausgelagerte eigene Anpassungen liegen momentan im „alten“ sysbuntupfad unter usr/local/src/files4sbos
  • remaster-iso/.disk/* ändern!!!
  • ~/.semanticSBML/config anpassen, db ändern
 
changelog_german.txt · Zuletzt geändert: 2011/10/26 10:57 von ivomaintz
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