changelog_german [SB.OS / Systems Biology Operational Software]

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**__0.6__** in Arbeit
  * Basis ist Xubuntu natty
  * (erstmal) nur 64bit
  * Umstieg auf xfce4 als Desktop Environment, da unity kein ordentliches Menü hat, sich schlecht bedienen läßt, viele Bugs hat und für große Bildschirme ungeeignet ist.
  * Image liegt [[http://jaguar.biologie.hu-berlin.de/systems_biology/testing|hier]]
  * Unsere Buildscripte etc. gibts über svn co [[http://jaguar.biologie.hu-berlin.de/svn/sbos/build/|http://jaguar.biologie.hu-berlin.de/svn/sbos/build/]]

**__0.5__**
  * SB.OS wird jetzt automatisch gebaut; auf lemur stößt ein Cronjob täglich um 6 den Neubau an, Samstags wird ein Image ins [[http://jaguar.biologie.hu-berlin.de/systems_biology/weekly/|Downloadverzeichnis]] kopiert.
  * zwei Versionen: 32bit und 64bit
  * Basis ist ubuntu maverick
  * "Alles ist ein Paket", das klappt richtig gut... auch bei STSE u.ä.

**__0.4.7__** in Arbeit
  * viel getestet und geändert, vieles verworfen...
  * 
//02.09.2010//
  * arcadia 1.0r2, vmd 1.8.7 hinzugefügt
  
**__0.4.6__**
  * systems biology workbench Version 2.8.1, STSE funktioniert wieder aus dem Menü heraus, Kernelupdate.  
  
**__0.4.5__** ist fertig!
  * Softwarestand siehe 0.4-beta4 oder auch http://www.sbos.eu/doku.php?id=software_included0.4.5
  * Nur kleine Bugfixes: z.B. wird bei der Installation das SB.OS-Repo nicht mehr vergessen
  * Ist hier auf 4 Rechnern im Einsatz; Einschränkung bei nachträglicher "Umwandlung" ist nur das Fehlen von OpenAlea sowie STSE. Beim derzeitigen Stand kann das nur manuell installiert werden (und dann auch nur unter 32bit)

**__0.4-beta4__** in Arbeit
  * Basis jetzt ubuntu lucid, neu aufgesetzt
  * Neu dabei: 	Protégé http://protege.stanford.edu/, JSim http://www.physiome.org/jsim/, SQUAD http://www.enfin.org/wiki/doku.php?id=enfin:squad:start, BooleanNet http://code.google.com/p/booleannet/, PySCeS http://pysces.sourceforge.net/download.html, BioNetGen http://bionetgen.org/index.php/Documentation
  * Updates: 	Celldesigner 4.1beta, BioModels 270410 (release 17), isatools-1.2, vanted-1.9, taverna-workbench-2.1.2
  * libsbml-3.4.1 ist jetzt gesplittet (libsbml, libsbml-dev, libsbml-python, libsbml-java, libsbml-matlab)
  * Umstellung auf amd64 geschafft; SB.OS kann prinzipiell in beiden Architekturen genutzt werden. Ausnahme: OpenAlea. Binaries gibt es nur in 32 bit, Kompilieren ist sehr kompliziert.
  * Repository eingerichtet: einfach "deb http://jaguar.biologie.hu-berlin.de/sbos/ lucid main" in die /etc/apt/sources.lst eintragen, aptitude update, dann die gewünschten Programme installieren.
    getestet mit Ubuntu lucid und karmic (da aber karmic in die sources.lst ...). Sollte mit anderen Debian-basierenden Distros auch gehen.
  * Für die volle Packung: aptitude install sb.os-desktop

**__0.4.3__** beta verfügbar; eventuell Probleme mit STSE und ATI-Grafik
  * semanticSML-1.0.11
  * Updates für STSE, Systemupdates u.v.a.

**__0.3.5__** wir sind dabei...
  * User ist sbos, nicht mehr ubuntu
  * eine "eingeschränkte" Version für den Lehrbetrieb: der  automatisch eingeloggte User ist "sbos", hat keine administrativen Rechte und kann so die Festplatte nicht verändern, darf aber "externe" Datenträger benutzen
  * semanticSBML-1.0.9
  * TIde muß nicht mehr mit sudo laufen...
  * Taverna, isa-tools installiert
  * Basis auf ubuntu jaunty aktualisiert, wegen einiger Probleme neu aufgesetzt auf karmic- Basis am 06.11.09
  * ModelMaGe aktualisiert auf 1.0beta, ins Menü eingetragen
  * SBMLSqueezer aktualisiert auf 1.2.3
  * neue BiNoM-Version (Plugin für Cytoscape)
  * Cytoscape Version 2.6.3
  * sundials cvode und serial solvers
  * Edinbourgh Pathway Editor 1.3.0 integriert
  * R 2.9.2
  * Vanted 1.76
  * SBML-PET 2.3.5
  * Taverna 2.1 beta 2
  * Systems Biology Workbench ist drauf
  * STSE Editor und Viewer eingebaut, PlantGL geht wieder (libboost sei Undank)

**__0.3.4__**

  * Fehlerbereinigte TIde-Version 1.2.1 (Versionsnummer NICHT angepasst, sollte so bleiben)
  * usplash-theme erstellt (usplash-theme-sbos 0.3.4)
  * IMMER ANPASSEN: remaster-iso/isolinux/* und README.diskdefines. Besonders auf Datum/Bezeichnung achten!
  * SBMLsqueezer 1.1 installiert
  * Desktop/Licenses links repariert
  * BioModels jetzt in /opt/Models/BioModels/, Doku angepasst, YeastNet- Models (jamboree) liegen unter /opt/Models/YeastNet/
  * Menu-System "richtig" eingebunden: /etc/xdg/menus/SystemsBiology.menu und /etc/xdg/menus/applications-merged/SystemsBiology.merde.menu angelegt.
  * semanticsbml-1.0.8, sbml2latex-0.9.7, sbmleditor-1.3.3 sind neu dabei
  * Doku aktualisiert, neues Logo eingebaut.
  * Update auf Kernel 2.6.27-14-generic, /boot/initrd*.gz nach ../../remaster-iso/casper/initrd.gz kopiert
  * Endlich usplash angepasst: ein so kleiner Bug kann einen so lang beschäftigen: in file usplash-theme-sbos.c, line 53 change the '400' in '.pixmap = &pixmap_usplash_640_400,' to '480'
  * gdm angepasst: gdm-sbos ist Standardthema
  * Isolinux-Hintergrundbild: einfach remaster-iso/isolinux/splash.pcx und splash.png austauschen, 256 Farben gehen.
  * Lizenz- Frage jetzt am Anfang der initrd, viel besser so...
  * Ändern der Hintergrundfarbe (weiss) beim Start von X: in /etc/gdm.conf-custom "GraphicalThemedColor=#ffffff" 
  * displaySBML jetzt im Menü als sbml2latex
  * SciTe (Editor), python-ply, ipython für pysces installiert, pysces läuft auch. Menüeintrag dafür?
  * StarWars ist installiert (telnet towel.blinkenlights.nl)
  * einige Fehlermeldungen in sbml2latex/latex werden durch das Kopieren des Verzeichnisses /usr/share/sbml2latex/src/resources/ in das Arbeitsverzeichnis behoben
  * Cytoscape-2.6.2 und BiNom (keine Versionierung, wie's scheint) sind mit drauf, OpenAlea/VisuAlea aktualisiert
  * SBOS 0.3.4 ist fertig!
  
**__0.3.3__**

  * Doku repariert (es fehlten die Videos!)
  * ...und gstreamer0.10-plugins-ugly + gstreamer0.10-ffmpeg fehlten
  * Visualea startet mit xterm wegen Bug: VisuAlea plottet nur, wenn es eus einem Terminal gestartet wird.

**__0.3.2__**

  * Geänderte config für semanticSBML, SemanticSBML- Daten nach /opt verschoben, da semanticsbml in der config nicht mit relativen Pfaden umgehen kann
  * Doku und Optik von ubuntu4systemsbiology befreit

  * neu aufgesetzt am 01.05.2009, um ein entschlacktes system zu erhalten. Paketbau NICHT mehr in remaster-root, sondern auf anderen Maschinen (oder in /home/ivo/Dokumente/sysbuntu/remaster-root), um die DVD nicht zuzumumüllen.
  * celldesigner-4.0.1
  * copasi-4.4.29
  * dialog                  # fuer /etc/init.d/checklicense.sh
  * gnuplot
  * libcgal-dev             #fuer OpenAlea
  * libncurses5-dev         #fuer OpenAlea
  * libqhull5               #fuer OpenAlea
  * libsbml-3.3.2
  * libqt4-opengl-dev       #fuer OpenAlea
  * libwxgtk2.8-dbg         #fuer xmlcopyeditor
  * libxerces-c28           #fuer xmlcopyeditor
  * libxerces2-java         #fuer celldesigner
  * python-epydoc
  * python-gnuplot
  * python-matplotlib
  * python-numarray
  * python-numeric
  * python-numpy
  * python-pyx
  * python-qt4
  * python-rpy
  * python-scipy
  * python-soappy
  * semanticsbml-1.0.7
  * texlive-latex-extra
  * tide-1.2
  * xmlcopyeditor-1.2.0.2
  * xppauth-5.98
  * fuer OpenAlea:   python-qt4 libboost-python1.34.1 python-scipy gnuplot libqhull5 python-matplotlib libncurses5-dev libcgal-dev libqt4-opengl-dev texlive-latex-extra python-rpy libboost-python.so nach libboost_python.so.3 verlinken, alle "*.so"- Bibliotheken aus /usr/local/lib muessen nach /usr/lib verlinkt werden, und aus libncurses.so.5 werden libtinfo.so und libtinfo.so.5 ...und laeuft...
  * noch nicht in *.deb ausgelagerte eigene Anpassungen liegen momentan im "alten" sysbuntupfad unter usr/local/src/files4sbos




  * remaster-iso/.disk/* ändern!!!
  * ~/.semanticSBML/config anpassen, db ändern
changelog_german.txt · Zuletzt geändert: 2011/10/26 12:57 von ivomaintz
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