getestet mit Ubuntu lucid und karmic (da aber karmic in die sources.lst …). Sollte mit anderen Debian-basierenden Distros auch gehen.
User ist sbos, nicht mehr ubuntu
eine „eingeschränkte“ Version für den Lehrbetrieb: der automatisch eingeloggte User ist „sbos“, hat keine administrativen Rechte und kann so die Festplatte nicht verändern, darf aber „externe“ Datenträger benutzen
semanticSBML-1.0.9
TIde muß nicht mehr mit sudo laufen…
Taverna, isa-tools installiert
Basis auf ubuntu jaunty aktualisiert, wegen einiger Probleme neu aufgesetzt auf karmic- Basis am 06.11.09
ModelMaGe aktualisiert auf 1.0beta, ins Menü eingetragen
SBMLSqueezer aktualisiert auf 1.2.3
neue BiNoM-Version (Plugin für Cytoscape)
Cytoscape Version 2.6.3
sundials cvode und serial solvers
Edinbourgh Pathway Editor 1.3.0 integriert
R 2.9.2
Vanted 1.76
SBML-PET 2.3.5
Taverna 2.1 beta 2
Systems Biology Workbench ist drauf
STSE Editor und Viewer eingebaut, PlantGL geht wieder (libboost sei Undank)
Fehlerbereinigte TIde-Version 1.2.1 (Versionsnummer NICHT angepasst, sollte so bleiben)
usplash-theme erstellt (usplash-theme-sbos 0.3.4)
IMMER ANPASSEN: remaster-iso/isolinux/* und README.diskdefines. Besonders auf Datum/Bezeichnung achten!
SBMLsqueezer 1.1 installiert
Desktop/Licenses links repariert
BioModels jetzt in /opt/Models/BioModels/, Doku angepasst, YeastNet- Models (jamboree) liegen unter /opt/Models/YeastNet/
Menu-System „richtig“ eingebunden: /etc/xdg/menus/SystemsBiology.menu und /etc/xdg/menus/applications-merged/SystemsBiology.merde.menu angelegt.
semanticsbml-1.0.8, sbml2latex-0.9.7, sbmleditor-1.3.3 sind neu dabei
Doku aktualisiert, neues Logo eingebaut.
Update auf Kernel 2.6.27-14-generic, /boot/initrd*.gz nach ../../remaster-iso/casper/initrd.gz kopiert
Endlich usplash angepasst: ein so kleiner Bug kann einen so lang beschäftigen: in file usplash-theme-sbos.c, line 53 change the '400' in '.pixmap = &pixmap_usplash_640_400,' to '480'
gdm angepasst: gdm-sbos ist Standardthema
Isolinux-Hintergrundbild: einfach remaster-iso/isolinux/splash.pcx und splash.png austauschen, 256 Farben gehen.
Lizenz- Frage jetzt am Anfang der initrd, viel besser so…
Ändern der Hintergrundfarbe (weiss) beim Start von X: in /etc/gdm.conf-custom „GraphicalThemedColor=#ffffff“
displaySBML jetzt im Menü als sbml2latex
SciTe (Editor), python-ply, ipython für pysces installiert, pysces läuft auch. Menüeintrag dafür?
StarWars ist installiert (telnet towel.blinkenlights.nl)
einige Fehlermeldungen in sbml2latex/latex werden durch das Kopieren des Verzeichnisses /usr/share/sbml2latex/src/resources/ in das Arbeitsverzeichnis behoben
Cytoscape-2.6.2 und BiNom (keine Versionierung, wie's scheint) sind mit drauf, OpenAlea/VisuAlea aktualisiert
SBOS 0.3.4 ist fertig!
neu aufgesetzt am 01.05.2009, um ein entschlacktes system zu erhalten. Paketbau NICHT mehr in remaster-root, sondern auf anderen Maschinen (oder in /home/ivo/Dokumente/sysbuntu/remaster-root), um die DVD nicht zuzumumüllen.
celldesigner-4.0.1
copasi-4.4.29
dialog # fuer /etc/init.d/checklicense.sh
gnuplot
libcgal-dev #fuer OpenAlea
libncurses5-dev #fuer OpenAlea
libqhull5 #fuer OpenAlea
libsbml-3.3.2
libqt4-opengl-dev #fuer OpenAlea
libwxgtk2.8-dbg #fuer xmlcopyeditor
libxerces-c28 #fuer xmlcopyeditor
libxerces2-java #fuer celldesigner
python-epydoc
python-gnuplot
python-matplotlib
python-numarray
python-numeric
python-numpy
python-pyx
python-qt4
python-rpy
python-scipy
python-soappy
semanticsbml-1.0.7
texlive-latex-extra
tide-1.2
xmlcopyeditor-1.2.0.2
xppauth-5.98
fuer OpenAlea: python-qt4 libboost-python1.34.1 python-scipy gnuplot libqhull5 python-matplotlib libncurses5-dev libcgal-dev libqt4-opengl-dev texlive-latex-extra python-rpy libboost-python.so nach libboost_python.so.3 verlinken, alle „*.so“- Bibliotheken aus /usr/local/lib muessen nach /usr/lib verlinkt werden, und aus libncurses.so.5 werden libtinfo.so und libtinfo.so.5 …und laeuft…
noch nicht in *.deb ausgelagerte eigene Anpassungen liegen momentan im „alten“ sysbuntupfad unter usr/local/src/files4sbos