**__0.6__** in Arbeit * Basis ist Xubuntu natty * (erstmal) nur 64bit * Umstieg auf xfce4 als Desktop Environment, da unity kein ordentliches Menü hat, sich schlecht bedienen läßt, viele Bugs hat und für große Bildschirme ungeeignet ist. * Image liegt [[http://jaguar.biologie.hu-berlin.de/systems_biology/testing|hier]] * Unsere Buildscripte etc. gibts über svn co [[http://jaguar.biologie.hu-berlin.de/svn/sbos/build/|http://jaguar.biologie.hu-berlin.de/svn/sbos/build/]] **__0.5__** * SB.OS wird jetzt automatisch gebaut; auf lemur stößt ein Cronjob täglich um 6 den Neubau an, Samstags wird ein Image ins [[http://jaguar.biologie.hu-berlin.de/systems_biology/weekly/|Downloadverzeichnis]] kopiert. * zwei Versionen: 32bit und 64bit * Basis ist ubuntu maverick * "Alles ist ein Paket", das klappt richtig gut... auch bei STSE u.ä. **__0.4.7__** in Arbeit * viel getestet und geändert, vieles verworfen... * //02.09.2010// * arcadia 1.0r2, vmd 1.8.7 hinzugefügt **__0.4.6__** * systems biology workbench Version 2.8.1, STSE funktioniert wieder aus dem Menü heraus, Kernelupdate. **__0.4.5__** ist fertig! * Softwarestand siehe 0.4-beta4 oder auch http://www.sbos.eu/doku.php?id=software_included0.4.5 * Nur kleine Bugfixes: z.B. wird bei der Installation das SB.OS-Repo nicht mehr vergessen * Ist hier auf 4 Rechnern im Einsatz; Einschränkung bei nachträglicher "Umwandlung" ist nur das Fehlen von OpenAlea sowie STSE. Beim derzeitigen Stand kann das nur manuell installiert werden (und dann auch nur unter 32bit) **__0.4-beta4__** in Arbeit * Basis jetzt ubuntu lucid, neu aufgesetzt * Neu dabei: Protégé http://protege.stanford.edu/, JSim http://www.physiome.org/jsim/, SQUAD http://www.enfin.org/wiki/doku.php?id=enfin:squad:start, BooleanNet http://code.google.com/p/booleannet/, PySCeS http://pysces.sourceforge.net/download.html, BioNetGen http://bionetgen.org/index.php/Documentation * Updates: Celldesigner 4.1beta, BioModels 270410 (release 17), isatools-1.2, vanted-1.9, taverna-workbench-2.1.2 * libsbml-3.4.1 ist jetzt gesplittet (libsbml, libsbml-dev, libsbml-python, libsbml-java, libsbml-matlab) * Umstellung auf amd64 geschafft; SB.OS kann prinzipiell in beiden Architekturen genutzt werden. Ausnahme: OpenAlea. Binaries gibt es nur in 32 bit, Kompilieren ist sehr kompliziert. * Repository eingerichtet: einfach "deb http://jaguar.biologie.hu-berlin.de/sbos/ lucid main" in die /etc/apt/sources.lst eintragen, aptitude update, dann die gewünschten Programme installieren. getestet mit Ubuntu lucid und karmic (da aber karmic in die sources.lst ...). Sollte mit anderen Debian-basierenden Distros auch gehen. * Für die volle Packung: aptitude install sb.os-desktop **__0.4.3__** beta verfügbar; eventuell Probleme mit STSE und ATI-Grafik * semanticSML-1.0.11 * Updates für STSE, Systemupdates u.v.a. **__0.3.5__** wir sind dabei... * User ist sbos, nicht mehr ubuntu * eine "eingeschränkte" Version für den Lehrbetrieb: der automatisch eingeloggte User ist "sbos", hat keine administrativen Rechte und kann so die Festplatte nicht verändern, darf aber "externe" Datenträger benutzen * semanticSBML-1.0.9 * TIde muß nicht mehr mit sudo laufen... * Taverna, isa-tools installiert * Basis auf ubuntu jaunty aktualisiert, wegen einiger Probleme neu aufgesetzt auf karmic- Basis am 06.11.09 * ModelMaGe aktualisiert auf 1.0beta, ins Menü eingetragen * SBMLSqueezer aktualisiert auf 1.2.3 * neue BiNoM-Version (Plugin für Cytoscape) * Cytoscape Version 2.6.3 * sundials cvode und serial solvers * Edinbourgh Pathway Editor 1.3.0 integriert * R 2.9.2 * Vanted 1.76 * SBML-PET 2.3.5 * Taverna 2.1 beta 2 * Systems Biology Workbench ist drauf * STSE Editor und Viewer eingebaut, PlantGL geht wieder (libboost sei Undank) **__0.3.4__** * Fehlerbereinigte TIde-Version 1.2.1 (Versionsnummer NICHT angepasst, sollte so bleiben) * usplash-theme erstellt (usplash-theme-sbos 0.3.4) * IMMER ANPASSEN: remaster-iso/isolinux/* und README.diskdefines. Besonders auf Datum/Bezeichnung achten! * SBMLsqueezer 1.1 installiert * Desktop/Licenses links repariert * BioModels jetzt in /opt/Models/BioModels/, Doku angepasst, YeastNet- Models (jamboree) liegen unter /opt/Models/YeastNet/ * Menu-System "richtig" eingebunden: /etc/xdg/menus/SystemsBiology.menu und /etc/xdg/menus/applications-merged/SystemsBiology.merde.menu angelegt. * semanticsbml-1.0.8, sbml2latex-0.9.7, sbmleditor-1.3.3 sind neu dabei * Doku aktualisiert, neues Logo eingebaut. * Update auf Kernel 2.6.27-14-generic, /boot/initrd*.gz nach ../../remaster-iso/casper/initrd.gz kopiert * Endlich usplash angepasst: ein so kleiner Bug kann einen so lang beschäftigen: in file usplash-theme-sbos.c, line 53 change the '400' in '.pixmap = &pixmap_usplash_640_400,' to '480' * gdm angepasst: gdm-sbos ist Standardthema * Isolinux-Hintergrundbild: einfach remaster-iso/isolinux/splash.pcx und splash.png austauschen, 256 Farben gehen. * Lizenz- Frage jetzt am Anfang der initrd, viel besser so... * Ändern der Hintergrundfarbe (weiss) beim Start von X: in /etc/gdm.conf-custom "GraphicalThemedColor=#ffffff" * displaySBML jetzt im Menü als sbml2latex * SciTe (Editor), python-ply, ipython für pysces installiert, pysces läuft auch. Menüeintrag dafür? * StarWars ist installiert (telnet towel.blinkenlights.nl) * einige Fehlermeldungen in sbml2latex/latex werden durch das Kopieren des Verzeichnisses /usr/share/sbml2latex/src/resources/ in das Arbeitsverzeichnis behoben * Cytoscape-2.6.2 und BiNom (keine Versionierung, wie's scheint) sind mit drauf, OpenAlea/VisuAlea aktualisiert * SBOS 0.3.4 ist fertig! **__0.3.3__** * Doku repariert (es fehlten die Videos!) * ...und gstreamer0.10-plugins-ugly + gstreamer0.10-ffmpeg fehlten * Visualea startet mit xterm wegen Bug: VisuAlea plottet nur, wenn es eus einem Terminal gestartet wird. **__0.3.2__** * Geänderte config für semanticSBML, SemanticSBML- Daten nach /opt verschoben, da semanticsbml in der config nicht mit relativen Pfaden umgehen kann * Doku und Optik von ubuntu4systemsbiology befreit * neu aufgesetzt am 01.05.2009, um ein entschlacktes system zu erhalten. Paketbau NICHT mehr in remaster-root, sondern auf anderen Maschinen (oder in /home/ivo/Dokumente/sysbuntu/remaster-root), um die DVD nicht zuzumumüllen. * celldesigner-4.0.1 * copasi-4.4.29 * dialog # fuer /etc/init.d/checklicense.sh * gnuplot * libcgal-dev #fuer OpenAlea * libncurses5-dev #fuer OpenAlea * libqhull5 #fuer OpenAlea * libsbml-3.3.2 * libqt4-opengl-dev #fuer OpenAlea * libwxgtk2.8-dbg #fuer xmlcopyeditor * libxerces-c28 #fuer xmlcopyeditor * libxerces2-java #fuer celldesigner * python-epydoc * python-gnuplot * python-matplotlib * python-numarray * python-numeric * python-numpy * python-pyx * python-qt4 * python-rpy * python-scipy * python-soappy * semanticsbml-1.0.7 * texlive-latex-extra * tide-1.2 * xmlcopyeditor-1.2.0.2 * xppauth-5.98 * fuer OpenAlea: python-qt4 libboost-python1.34.1 python-scipy gnuplot libqhull5 python-matplotlib libncurses5-dev libcgal-dev libqt4-opengl-dev texlive-latex-extra python-rpy libboost-python.so nach libboost_python.so.3 verlinken, alle "*.so"- Bibliotheken aus /usr/local/lib muessen nach /usr/lib verlinkt werden, und aus libncurses.so.5 werden libtinfo.so und libtinfo.so.5 ...und laeuft... * noch nicht in *.deb ausgelagerte eigene Anpassungen liegen momentan im "alten" sysbuntupfad unter usr/local/src/files4sbos * remaster-iso/.disk/* ändern!!! * ~/.semanticSBML/config anpassen, db ändern